Po studiach powrócił do 15 Dywizji Lotnictwa Bombowego, gdzie pełnił służbę na stanowisku szefa strzelania powietrznego do 1 października 1969. Następnie został skierowany do Dowództwa Lotnictwa Operacyjnego, gdzie pełnił służbę na stanowisku inspektora lotnictwa bombowego.
1 lutego 1973 w wieku 43 lat otrzymał przydział służbowy na funkcję dowódcy 36 specjalnego pułku lotnictwa transportowego w Warszawie. 36 splt w tym czasie został wyposażony w nowe typy samolotów: Jak-40, Tu-134A, a następnie w Tu-154M. Dowodził 36 splt ponad 13 lat, do 1 listopada 1986 przekazując dowodzenie jednostką dla płk dypl. pil. Roberta Latkowskiego. W listopadzie 1986 został dyrektorem Przedsiębiorstwa Państwowe Porty Lotnicze w Warszawie. Funkcje tę pełnił do 15 czerwca 1989. 31 grudnia 1990 w wieku 60 lat został przeniesiony do rezerwy. Był pilotem wojskowym klasy mistrzowskiej z 42-letnim doświadczeniem z nalotem ponad 7600 godzin. Latał na wielu typach samolotów: LIM-ach, MIG-ach, na Ił-28, JAK-40 i TU-134. W ponad 42 letniej służby w lotnictwie nie miał żadnego wypadku lotniczego. Mieszkał z rodziną w Warszawie.
Stanisław Czarny zmarł 7 października 2019 w Warszawie w wieku 89 lat.