Karol narodził się w Saksonii jako drugie z czwórki dzieci architekta Carla Friedricha Pöppelmanna i Elisabeth z domu Hiche. Po śmierci ojca zdecydował się zostać duchownym. W 1762 rozpoczął studia teologiczne w Poznaniu, nawiązując dobre kontakty z biskupem poznańskim Teodorem Czartoryskim. Na przełomie 1763/1764, dzięki poparciu Czartoryskich i prymasa Łubieńskiego został, jeszcze jako kleryk seminarium, koadiutorem kanonika warmińskiego Ignacego Accoramboniego. W 1764 Karol Pöppelmann przeniósł się do Warszawy i tam kontynuował naukę w seminarium. 21 kwietnia 1764 otrzymał święcenia kapłańskie. Nie później niż w połowie 1765 przeniósł się na Warmię. 5 września 1766 uzyskał kanonię we Fromborku. W imieniu kapituły pełnił rozliczne funkcje, m.in. odbywał podróże na dwór królewski czy do Berlina (wraz z bpem Krasickim). 21 czerwca 1773 roku został mianowany komendariuszem w Braniewie, a w lutym 1774 proboszczem parafii św. Katarzyny w Braniewie. 9 listopada 1779 został wybrany dziekanem fromborskiej kapituły katedralnej, mimo tego sprawował nadal urząd proboszcza parafii w Braniewie (aż do śmierci w 1805). Po mianowaniu Krasickiego w 1795 na biskupa archidiecezji gnieźnieńskiej ks.