Właściwa struktura MILF-u ukształtowała się za sprawą Salamata Hashima w 1977 r., kiedy to doszło do rozłamu w Narodowym Froncie Wyzwolenia Moro i wydzielenia obecnego Islamskiego Frontu Wyzwolenia Moro (MILF).

W styczniu 1987 r. Narodowy Front Wyzwolenia Moro (MNLF) zaakceptował ofertę rządu, przyznającą autonomię terenom zamieszkanym przez muzułmanów. MILF natomiast odmówił włączenia się do porozumienia. Od tego czasu ruch ten jest największą grupą separatystyczną na Filipinach. Ogólne porozumienie o zaprzestaniu wrogich akcji pomiędzy rządem a MILF-em zostało podpisane w lipcu 1997 r. Zostało ono jednak złamane przez stronę rządową w 2000 r. To spowodowało ogłoszenie dżihadu przez rebeliantów. Pojawiły się także podejrzenia o współpracę z Abu Sayyafem i Al Kaidą. Działania zbrojne zostały przerwane dopiero po podpisaniu zawieszenia broni z prezydent Glorią Macapagal Arroyo.

Szacuje się, że Islamski Front Wyzwolenia Moro liczy 12 tys. członków (chociaż jego przedstawiciele twierdzą, że do ruchu należało w 1998 r. 90 tys. „dobrze uzbrojonych” ludzi).

Po 2 latach względnego pokoju, w styczniu 2005 r.