Wnętrze kościoła ma układ jednonawowy i jest podporządkowane ołtarzowi głównemu. Jasna przestrzeń oraz regularne podziały ścian odpowiadają klasycystycznej przebudowie z 1818 roku, podczas gdy część wyposażenia pochodzi z wcześniejszych okresów.
Ściany zdobi rzadka dekoracja wykonana techniką secco, przedstawiająca motywy roślinne. Malowidła pochodzą z końca XIX wieku i są przypisywane Ignaziowi Calassiemu; badania wykazały, że pod nimi znajdują się pozostałości starszych fresków.
Ołtarz główny ma formę barokową i został prawdopodobnie sprowadzony z Wenecji. Jego centralnym elementem jest marmurowe Tabernakulum datowane na przełom XVII i XVIII wieku.
W niszy ołtarzowej znajduje się obraz przedstawiający Niepokalaną Marię ze św. Agnieszką. Kompozycję wieńczy złocony baldachim z figurami aniołów, natomiast po obu stronach ustawiono drewniane figury św. Piotra i św. Pawła.
Ochrona zabytkowa
Kościół jest nieruchomym zabytkiem o znaczeniu lokalnym, wpisanym do słoweńskiej ewidencji dziedzictwa kulturowego pod numerem EŠD 517. Ochrona obejmuje architekturę budynku, jego historyczne wyposażenie oraz związek przestrzenny z placem Tartiniego.