Uczniowi pytającemu o sens wyboru Ypsylonów fakir wyjaśnia, że drzewo i tak nie miało dostać się w ręce ludzi, a klęska tego narodu ma stać się dla niego nauką prowadzącą do moralnej przemiany. Narrator kończy opowieść komentarzem przyjaciela, który wyjaśnia, że Ypsylonowie symbolizują współczesne społeczeństwo polskie. Jego zdaniem drogą do przezwyciężenia narodowych wad jest rozwój rzemiosła i edukacji poprzez zagraniczne praktyki zawodowe młodych rzemieślników, finansowane ze składek publicznych.
Utwór kończy się wezwaniem do wzięcia udziału w projekcie finansowania zagranicznych praktyk dla polskich rzemieślników; a tytułowa zagadka to wyzwanie dla czytelników do odgadnięcia, który rzeczywiście istniejący naród jest „najpodobniejszy do Ypsylonów”.
Analiza Zagadka do nagrody jest często opisywana przez badaczy (Janina Kulczycka-Saloni, Jan Zygmunt Jakubowski) jako alegoria. Utwór jest też zwykle klasyfikowany jako nowela i zaliczany do grupy fantastycznych utworów Bolesława Prusa. Elementem fantastycznym jest tu przede wszystkim fakir, którego Grzegorz Filip porównuje do baśniowego czarownika, a także umiejscowienie akcji „gdzieś w Himalajach… w jednym z lasów kaszmirskich, na gruzach prastarej świątyni” (czyli nawiązanie do baśniowego powiedzenia „za górami, za lasami” - zob.