Część parku należy do europejskiej sieci Natura 2000. Obszar specjalnej ochrony ptaków Strunjan, oznaczony kodem SI5000031, zajmuje 187,99 ha i został wyznaczony m.in. dla ochrony mewy czarnogłowej, rybitwy czubatej, czapli nadobnej i kormorana czubatego.
Ochroną w ramach sieci Natura 2000 objęto również siedliska morskie, klify, lagunę, solniska i zbiorowiska roślinności halofilnej. Zachowanie tych środowisk zależy zarówno od ograniczenia presji turystycznej, jak i od utrzymywania tradycyjnej gospodarki solnej i rolniczej.
Włączenie parku do systemu SPAMI w 2019 roku potwierdziło znaczenie jego ekosystemów dla ochrony różnorodności biologicznej Morza Śródziemnego. Obszary tej kategorii są ustanawiane na podstawie protokołu do konwencji barcelońskiej dotyczącego obszarów specjalnie chronionych i różnorodności biologicznej.
Zarządzanie
Parkiem zarządza publiczny zakład Javni zavod Krajinski park Strunjan z siedzibą w Strunjanie.