Typowym skutkiem wystąpienia szkodliwego zakwitu jest masowe śnięcie ryb. Masowe umieranie może dotyczyć również innych zwierząt morskich, takich jak małże, morskie ssaki, ptaki wodne czy żółwie morskie. Toksyny unoszą się nie tylko w wodzie, ale trafiają do powietrza w formie aerozolu.
Pośrednim skutkiem wystąpienia szkodliwych zakwitów dotykającym ludzi jest zatrucie toksynami glonowymi zakumulowanymi w ciele zwierząt morskich. Wyróżniane jest kilka jego rodzajów: (amnestyczne) (ASP, amnesic shellfish poisoning), główną toksyną w tym przypadku jest kwas domoikowy; ciguatera (zatrucie ciguatoksynowe) (CFP, ciguatera fish poisoning), wywołane przez ciguatoksyny; (diaretyczne) (DSP, diarrhetic shellfish poisoning), główną toksyną jest ; (NSP, neurotoxic shellfish poisoning), główną toksyną jest ; (paralityczne) (PSP, paralytic shellfish poisoning), główną toksyną jest ; zatrucie (azaspiracydowe) (AZP, azaspiracid shellfish poisoning); spiroiminowe (SSP, spiroimine shellfish poisoning).