W latach 1256–1267 klasztor przekształcono we wspólnotę kanoniczek regularnych. Należało do niej od 12 do 15 kobiet o szlacheckim pochodzeniu, które nie podlegały klauzurze ani surowemu życiu monastycznemu i mogły w każdej chwili opuścić kapitułę. W XIV wieku Lindau uzyskało status miasta cesarskiego, uniezależniając się tym samym od klasztoru. W 1466 roku placówka uzyskała status opactwa cesarskiego. Pod koniec XV wieku prezbiterium kościoła przebudowano w stylu gotyckim. W okresie reformacji, podczas gdy sąsiedni Kościół Parafialny św. Szczepana przeszedł w ręce protestantów, kanoniczki pozostały przy katolicyzmie.
Zabudowania opactwa wraz z kościołem zostały zniszczone podczas pożaru miasta w nocy z 16 na 17 września 1728 roku. W latach 1732–1734 wzniesiono nowe skrzydło klasztorne, 22 kwietnia 1748 roku rozpoczęto budowę nowej kolegiaty na zachowanych, średniowiecznych murach, wg planów . 9 lipca 1752 książę-biskup Konstancji Franz Konrad von Rodt konsekrował ukończoną świątynię. W latach 1771–1775 najwyższą kondygnację wieży przebudowano wg projektu . Klasztor zlikwidowano w 1802 roku, w okresie sekularyzacji, a jego majątek zlicytowano. Kompleks przeszedł w ręce , brata ostatniej opatki, Frederike von Bretzenheim, który po dwóch latach przekazał go państwu austriackiemu w zamian za ziemie w Czechach i na Węgrzech.