Zapewniają one połączenia w kierunku Lublany, Triestu, Chorwacji i pozostałej części Istrii.
W 2025 roku port obsłużył 490 819 samochodów ciężarowych. Duży ruch pojazdów ciężarowych wpływa na układ komunikacyjny Kopru i sąsiednich miejscowości, dlatego rozwój portu jest łączony z budową nowych dróg dojazdowych i zwiększaniem udziału kolei w przewozach.
Połączenia morskie Koper posiada regularne połączenia kontenerowe, ro-ro i drobnicowe z portami Morza Śródziemnego, Bliskiego Wschodu i Azji. Część połączeń ma charakter bezpośredni, natomiast pozostałe prowadzą przez porty przeładunkowe w basenie Morza Śródziemnego.
W 2009 roku Koper wraz z portami w Trieście, Wenecji i Rawennie uczestniczył w utworzeniu Stowarzyszenia Portów Północnego Adriatyku (NAPA). Celem organizacji jest współpraca portów oraz promocja północnego Adriatyku jako drogi transportowej prowadzącej do Europy Środkowej.
Przeładunki W pierwszych latach działalności port obsługiwał głównie drewno, drobnicę i produkty rolne. Wraz z rozbudową infrastruktury rosło znaczenie ładunków masowych, produktów płynnych, kontenerów i samochodów.