Działalność badawcza i obszary specjalizacji Prace badawcze prof. Mariusza Skowrońskiego obejmują szeroko pojętą fizjologię i patofizjologię zwierząt oraz człowieka. Do jego głównych zainteresowań naukowych należą:
Rola akwaporyn (AQP) w układzie rozrodczym: Badanie ekspresji, rozmieszczenia i funkcji biologicznej białek kanałowych (odpowiedzialnych za transport wody i małych cząsteczek) w układzie rozrodczym człowieka oraz zwierząt w warunkach prawidłowych i zaburzeniach hormonalnych. Fizjologia ślinianek: Regulacja funkcji wydzielniczych ślinianek przyusznych ze szczególnym uwzględnieniem roli akwaporyny 5 (AQP5) oraz mechanizmów jej wewnątrzkomórkowego przemieszczania (translokacji). Modele mysie z wyciszonym genem (knockout): Określanie fizjologicznej roli akwaporyn 7 i 9 (AQP7, AQP9) z wykorzystaniem myszy z wyciętymi genami kodującymi te białka. Biologia rozwoju: Badanie roli genów markerowych w oocytach oraz komórkach ziarnistych pęcherzyków jajnikowych.