Eskalacja dalszych działań podjętych kolejno przez inkwizytora, dziekana katedry w Mdinie, biskupa Gargallo oraz jego wikariusza generalnego doprowadziła do śmierci wikariusza kapitulnego oraz jednego z kanoników, czego skutkiem było zawieszenie przez papieża biskupa Gargallo w pełnieniu funkcji kapłańskich oraz wydalenie go z Malty na dwa lata. Nałożona została na niego również grzywna w wysokości 600 skudów tytułem odszkodowania dla rodzin zmarłych duchownych. Pragnąc okazać skruchę, po powrocie na Maltę Gargallo ufundował kaplice pod wezwaniem Matki Bożej z Montserrat – jedną w Rzymie, a drugą w kościele św. Wawrzyńca w Birgu. Sfinansował także budowę kolejnej kaplicy w kościele Jezuitów w Valletcie, gdzie później został pochowany. Kolejny spór Gargallo miał miejsce w 1604 z arcybiskupem Palermo, którego prymatu jako metropolity nie chciał uznać; zaś kolejny, w latach 1610–1611, dotyczył kwestii jurysdykcji inkwizytora.