Został objęty aresztem domowym, potem udał się na wygnanie, a następnie powrócił na drugi proces – tym razem o prozelityzm i przed sądem cywilnym, nie kościelnym. Zmarł w więzieniu, zanim – najwyższa instancja sądowa Grecji – rozpoznał sprawę. Postępowanie wobec niego wygasło wraz ze śmiercią, a wyrok sądu w Ermupoli został uchylony.
Rodzina Tomasz Kairis, przyszły Teofil, pochodził z zamożnej rodziny z Messarii, wsi na Andros, wyspie w północnej części Cyklad. Jego ojciec, Nikolaos Kairis, należał do notabli wyspy. Matka, Asimina Kampanaki, miała brata Sofroniosa Kampanakisa, archimandrytę (wyższego duchownego prawosławnego, przełożonego klasztoru) w Kydonies (na wybrzeżu Azji Mniejszej, w pobliżu Pergamonu).
Tomasz pochodził z licznej rodziny. Jego bracia Eugenios i Ioasaf zostali, podobnie jak on, duchownymi. Eugenios był archimandrytą greckich wspólnot w Livorno, a następnie w Trieście we Włoszech. Ioasaf przez całe życie pozostał przy bracie Tomaszu, który przyjął potem imię Teofil. Jego dwie starsze siostry, Maria i Laskaró, wyszły za mąż. Nic więcej o nich nie wiadomo. Jego siostra Evanthía (ur. 1799) nie wyszła za mąż i przez całe życie pozostawała u jego boku. Ona również była ważną grecką erudytką i wyróżniała się pobożnością. Bywa niekiedy uważana za „duchową córkę swojego brata”.