Oddziały 25 Dywizji Piechoty kontynuowały przeczesywanie terenu do 14 maja, odzyskując duże ilości sprzętu, ale z niewielkim kontaktem z jednostkami Vietcongu.
Następstwa thumb|Piechota amerykańska miała przewagę techniczną nad napotkanymi siłami Vietcongu, w tym transportery opancerzone M113, a w niektórych miejscach również czołgi thumb|Zrzut zaopatrzenia z powietrza w ramach operacji Junction City Prowincja Tây Ninh została gruntownie przeszukana, a siły Vietcongu poniosły znaczne straty, w tym duże ilości utraconych zapasów: 810 ton ryżu, 600 ton broni strzeleckiej, 500 000 stron dokumentów. Straty amerykańskie nie były jednak bez znaczenia i wyniosły 282 zabitych i ponad 1500 rannych.
Według obliczeń amerykańskiego dowództwa, 9 Dywizja Vietcongu została poważnie osłabiona w wyniku operacji, tracąc 2728 zabitych, 34 schwytanych i 139 dezerterów. Zdobyto 100 sztuk broni obsługiwanej przez załogę i 491 sztuk broni indywidualnej. W kwietniu 2017 roku Ministerstwo Obrony Wietnamu podało, że straty wyniosły 10,2% (1275) całkowitej siły (15 000 ludzi), a 1,7% (255) zginęło.