Wojna przerwała działalność YMCA w Krakowie. W okresie powojennym, w roku 1951, polskie oddziały Związku zostały włączone do państwowego systemu edukacyjnego, a w gmachu przy ulicy Krowoderskiej zorganizowany został Młodzieżowy Dom Kultury, podległy Wydziałowi Oświaty Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie. W latach 1951–1952 nastąpiła gruntowna przebudowa wnętrz obiektu. W tym czasie stworzono w nich szereg pracowni, m.in. modelarską, ślusarską, akordeonową i fotograficzną. W roku 1957 placówka uzyskała imię Henryka Jordana, w pięćdziesiątą rocznicę jego śmierci. W 1959 roku w budynku rozpoczęło działalność kino studyjne „Zuch”, później istniejące pod nazwą Kino Agrafka. W latach 60. ośrodek, w zajęciach którego uczestniczyło ponad 4000 stałych uczestników, był już jedną z największych tego rodzaju instytucji w Polsce. W roku 1972, w uhonorowaniu wieloletniej i szerokiej w swoim zakresie działalności, MDK uzyskał status „Pałacu Młodzieży”. W 1991 roku nastąpiła zmiana nazwy placówki na Centrum Młodzieży im. dr. Henryka Jordana, a w roku 1994 Centrum w swój zarząd przejęła Gmina Miejska Kraków.