Zimą 1477 roku osiedlił się w Krakowie, rezygnując z obywatelstwa Norymbergi. Tam otrzymał zamówienie na wykonanie Ołtarza w kościele Mariackim. Dzięki protekcji nowego przewodniczącego Rady Miejskiej Waltera Kezingera udało się nakłonić Stwosza do podjęcia się tego zadania. W 1481 roku zakupił dom przy ulicy Poselskiej, który sam remontował. Dwa lata później Rada, będąc zadowolona z postępu prac, zwolniła rzeźbiarza z obowiązku płacenia podatków, w zamian za co Stwosz został doradcą miejskim do spraw budowlanych. W 1484 roku został także starszym cechu malarzy (zrzeszającym również rzeźbiarzy). Prace pozłotnicze Ołtarza Mariackiego rozpoczęto w 1485, dzięki czemu Stwosz mógł zacząć przyjmować inne zamówienia i podróżować do Wrocławia i Norymbergi. Wykonał wówczas między innymi płaskorzeźbę Chrystusa w ogrodzie Oliwnym, Nagrobek Kazimierza IV Jagiellończyka czy Płytę nagrobną Zbigniewa Oleśnickiego.