Wiosną 1505 roku miasto chciało zawrzeć ugodę ze Stwoszem, w wyniku której musiał odbyć miesięczny areszt za złamanie zakazu i przyjąć nowy zakaz opuszczania miasta bez zgody Rady.

Rok później doszło do kolejnego konfliktu, kiedy to rzeźbiarz obraził Radę Miejską, domagając się zaległych należności. Spędził kolejny tydzień w areszcie, a następnie starał się o dekret Maksymiliana I, jednak Norymberga nie zgodziła się ogłosić listu króla i nie zmieniła werdyktu. Pomimo, że z powodu konfliktów z miastem nie podejmował większych wyzwań artystycznych, udało mu się wykończyć ołtarz Riemenschneidera w Münnerstadcie. Trudności finansowe zmusiły go do wyjazdu do Frankfurtu celem sprzedaży swoich dzieł na targach. Jego rzeźby wzbudzały jednak uznanie i wkrótce potem podjął się wykonania Posągów nagrobka cesarza Maksymiliana I. Stwosz chciał wykonać to dzieło z brązu, czemu sprzeciwili się miejscy ludwisarze. Dzięki interwencji cesarza, rzeźbiarz mógł jednorazowo dokonać odlewu z brązu. Na zamówienie swojego syna Andrzeja, przeora karmelitów, Stwosz wykonał w latach 1520–1523 Ołtarz Bamberski w kościele pw. Najświętszego Salwatora.

Pod koniec życia ograniczył swoją działalność ze względu na reformację. Zmarł jesienią 1533 roku w Norymberdze.