Równo w wiek po odkryciu grobowca, w lutym 1898, Victor Loret odnalazł mumię króla. Była złożona w sekretnej części grobowca (KV35) Amenhotepa II w trumnie, której dolna część, jak wynikało z inskrypcji, należała do Ramzesa III, a wieko przerobiono dla Seti I. Identyfikacja mumii nie jest pewna. Pomimo inskrypcji na bandażach, w których zapisano tronowe imię Amenhotepa – Nebmaatre, istnieją wątpliwości, a jedna z hipotez mówi nawet, że mumia jest o wiele młodsza niż czasy XVIII dynastii. Mumia została odwinięta z bandaży 23 sierpnia 1905 roku w Kairze. Znajdowała się we wręcz katastrofalnym stanie. Składała się z kilku części. Ręce i nogi oddzielone były od tułowia. Amenhotep przed śmiercią zapewne cierpiał z powodu ostrego stanu zapalnego szczęki. Procesy ropne opanowały całą górną szczękę i okolice pod oczami. Podczas badań odkryto ślady pośmiertnego usuwania, zżartych procesem chorobowym tkanek mięśniowych i kostnych. Powstałe ubytki, podczas mumifikacji, zapełniono mieszaniną drobnych trocin, mułu i piasku. Odkryto również ślady prób konserwacji mumii, dokonanych prawdopodobnie w czasach XXI dynastii. Obecnie mumia Amenhotepa III znajduje się w Muzeum Egipskim w Kairze.