W latach 1876–1878 uczyła w Wellesley matematyki, a cztery dni w tygodniu dojeżdżała na MIT jako gość, bo kobiet nie przyjmowano tam wtedy na studia. Poznawała tam nie tylko obsługę przyrządów, ale i procedury doświadczalne, ponieważ to do niej należał wybór aparatury dla Wellesley. Przyrządy sprowadzano wówczas z zagranicy od firm, które nie wydawały katalogów, więc żeby obejrzeć sprzęt przed zamówieniem, objeżdżała pracownie innych uczelni, m.in. Harvardu, Yale, Amherst, Bowdoin i Uniwersytetu Pensylwanii. Pracownię urządzono w 1878 na poddaszu College Hall, a aparaturę, która przychodziła w częściach, Whiting składała sama, z pomocą Duranta. Zorganizowała tam katedrę fizyki oraz studencką pracownię fizyki doświadczalnej – drugą taką pracownię w Stanach Zjednoczonych i pierwszą przeznaczoną dla kobiet. Fizyka pozostawała w Wellesley przedmiotem obowiązkowym dla wszystkich kandydatek do dyplomu aż do 1893, a doświadczenia pokazowe Whiting prowadziła bez asystentów do 1885.