Organizatorzy od pierwszej edycji stawiali na obecność rodzimych artystów, angażując grupy takie jak Dragon Ash czy , co odróżniało Summer Sonic od wydarzeń nastawionych wyłącznie na zagraniczne gwiazdy.
Ze względu na ograniczenia obszarowe strefy w Yamanashi (pojemność do 20 tysięcy widzów), w 2001 roku strefę tokijską przeniesiono do hal Makuhari Messe oraz na stadion ZOZO Marine Stadium w mieście Chiba, co ułatwiło dojazd publiczności z centrum Tokio. W kolejnych latach impreza stopniowo zwiększała swoją skalę: z trzech scen w 2002 roku do pięciu w 2004 i siedmiu w 2005 roku. W 2003 roku festiwal po raz pierwszy w historii całkowicie wyprzedał wszystkie bilety. Podczas koncertu grupy Radiohead muzycy niespodziewanie wykonali na bis utwór „Creep” – chociaż zespół unikał grania swojego hitu na żywo, a sama piosenka nie znalazła się w oficjalnej setliście, jej spontaniczne zaprezentowanie stało się jednym z najbardziej kultowych momentów w historii Summer Sonic. Podczas edycji w 2006 roku zespół Metallica dał najdłuższy występ w historii festiwalu (2 godziny i 20 minut), wykonując w całości materiał z albumu Master of Puppets z okazji 20-lecia jego wydania.