Świątynia przez wiele stuleci zachowała swój oryginalny wygląd, jednak w latach 70. XX wieku została w sposób nieumiejętny poddana renowacji polegającej na nałożeniu warstwy wodoodpornego tynku cementowo-piaskowego na oryginalne ściany wykonane z gliny. Uwięziona w glinianych ścianach wilgoć oraz termity, które zasiedliły drewniane elementy konstrukcyjne, doprowadziły do poważnych uszkodzeń budynku, a z czasem do zawalenia się części obiektu. We wrześniu 2002 roku silna ulewa dodatkowo zniszczyła minaret i mihrab meczetu. W tym samym roku organizacja World Monuments Fund (WMF) wpisała budowlę na listę 100 najbardziej zagrożonych zabytków świata ().
W kolejnych latach dzięki pozyskanej od American Express za pośrednictwem WMF dotacji w wysokości 50 tys. dolarów w meczecie przeprowadzono prace konserwatorskie, które nadzorowały ghańska agencja rządowa oraz międzynarodowa grupa badawcza zajmująca się budownictwem z gliny, działająca przy we francuskim Grenoble. W renowację zaangażowani byli też mieszkańcy Larabangi, co pozwoliło im odnowić więź z budowlą.