Kamień węgielny pod budowę nowego kościoła na Apollinarisbergu wmurowano w 1839 roku. Świątynię ufundował , a projekt sporządził . W 1843 roku budynek ukończono w stanie surowym, a konsekracja miała miejsce 24 marca 1857 roku. 23 lipca tego samego roku do kościoła przeniesiono głowę św. Apolinarego. Opiekę nad sanktuarium objęli franciszkanie.
W 1972 roku przy kościele wzniesiono nowe zabudowania klasztorne. Świątynię poddano renowacji w latach 1986–2003, wyremontowano wówczas elewacje, dach i ambonę. Franciszkanie opuścili kompleks w 2006 roku, a w następnym roku opiekę nad kompleksem przejęła wspólnota Gemeinschaft der gekreuzigten und auferstandenen Liebe. W 2025 roku zdemontowano hełmy zachodnich wież w celu ich odrestaurowania.
Architektura i wyposażenie Świątynia neogotycka, jednonawowa, z transeptem. Posiada cztery wieże – hełmy wież zachodnich są żeliwne, a wschodnich – kamienne.
Freski zdobiące wnętrze świątyni wykonali malarze z kręgu nazareńczyków: , , i . Ukazano na nich sceny z życia Chrystusa, Maryi i św. Apolinarego. W konsze absydy przedstawiono Chrystusa jako sędziego w otoczeniu Matki Bożej i Jana Chrzciciela. Poniżej umieszczono wizerunki świętych Piotra i Apolinarego oraz czterech ewangelistów.