Historia Wieś lokowana była w 1345 r. przez biskupa warmińskiego Hermana z Pragi (w zasadzie potwierdził założenie wsi kościelnej), na 60 włókach) na prawie chełmińskim, pod pierwotną nazwą Hogenbuche (oznaczające w języku niemieckim Wysokie Buki, ale proponowana nazwa nie przyjęła się). Zasadźca był Jonekon. Jonkowo zostało założone na pruskim terytorium zwanym Gudikus przy bagnisku Mosenbruch, na granicy z Gritegrucz. Nazwa wsi przyjęła się od nazwiska pierwszego sołtysa Prusa o imieniu Jonekony (Joneko) ze wsi Bartołty (obecnie Bartołty Wielkie). W akcie lokacyjnym wsi dla sołtysa przeznaczono 6 włók (włóki sołtysa, wolne od podatku) oraz kolejnych 6 włók za służbę konną (w razie wojny). Sołtys otrzymał dodatkowo zezwolenie na prowadzenie karczmy z wyszynkiem piwa oraz prawo połowu ryb w jeziorze zwanym Rauthschoys i polowania w okolicznych lasach (na własne potrzeby). Pięć włók przeznaczono na uposażenie parafii. Pierwszy kościół powstał w latach 1350–1375 i był drewniany. W 1356 r. biskup warmiński Jan Stryprock zapisał Jonkowo kapitule kolegiackiej w Dobrym Mieście. W czasie wojny polsko-krzyżackiej w 1414 r. Jonkowo zostało spalone i splądrowane. Kolejny akt lokacyjny dla powtórnego zasiedlenia Jonkowa wydał biskup warmiński Jan Abezier w 1421 roku.