Po stopniowej demobilizacji oddziału pozostawał związany z kompanią Dąbka. Po ofensywie sowieckiej i rozwiązaniu Armii Krajowej w styczniu 1945 roku powrócił do domu. W źródłach występuje wówczas jako plutonowy „Ogień”.
Represje powojenne Po wojnie był represjonowany przez komunistyczny aparat bezpieczeństwa w związku z działalnością w Armii Krajowej. W 1950 roku został aresztowany i był więziony m.in. na zamku w Rzeszowie.
Źródła różnią się w opisie wymierzonej mu kary. Według Wiesława Hapa został skazany na 10 lat więzienia, a następnie na mocy amnestii karę zmieniono na dwa lata pracy w kopalni węgla. Stanisław Pomprowicz podawał natomiast, że Żółkoś został skazany na dwa i pół roku.
Po odzyskaniu wolności pracował na roli. Był również współzałożycielem spółdzielni spożywczej w Chrząstówce.
Zmarł w 1980 roku.
Wspomnienia Żółkoś pozostawił relacje dotyczące swojej działalności konspiracyjnej. Stanisław Pomprowicz wykorzystał w opracowaniu historii Placówki „Turkawka” maszynopis Franciszka Żółkosia Pamiętnik z okresu okupacji hitlerowskiej, sporządzony w Bajdach w 1963 roku.
Zofia Macek wykorzystała również jego wspomnienia, publikując fragmenty relacji dotyczącej m.in.