Zasadźca otrzymał 8 wolnych łanów a osadnicy 52 łany z 14 okresem wolnizny (okresu wolnego od opłat czynszowych). W XV wieku, podczas wojny trzynastoletniej, wieś uległa całkowitemu zniszczeniu (w 1455 r.).
Po zniszczeniach i wyludnieniu z czasów wojny polsko-krzyżackiej akcję rekolonizacyjną w 1517 r. i 1521 r. prowadził Mikołaj Kopernik (jako administrator kapituły warmińskiej, rezydujący w Olsztynie). Osadnicy pochodzili z terenów Polski. Jednakże osadnictwo organizowane było w dwóch miejscach, w wyniku czego dokonał się podział na dwie osobne wsie: Klebark Wielki (zwany też Starym – Alt Cleberg) i Klemark Mały ((zwany też Nowym Klebarkiem – Neti Cleberg). Kapituła warmińska przywilejem z 4 września 1587 r. usankcjonowała podział na dwie równe części, po 30 łanów każda, w tym po 4 łany sołeckie. Współczesna nazwy wsi (Klebark Mały i Wieki) ukształtowały się w XVII w.
Pod jedną z kapliczek został pochowany mieszkaniec Klebarka Małego, zabity przez żołnierzy radzieckich w 1945 r.Wacław Krukowski „Czytelnicy piszą o kapliczkach warmińskich”, Gazeta Olsztyńska, nr 199