Później pobierał także podatki dla Kapituły i dziesięciny dla proboszcza.
Jeszcze na przełomie XIV i XV wieku większość mieszkańców stanowili Prusowie. Ludność polska z Mazowsza i ziemi chełmińskiej zaczęła się tu osiedlać na przełomie XIV i XV wieku. Na początku XVI wieku kazania w wygłaszano w języku polskim i pruskim.
Kościół zbudowano prawdopodobnie po 1400, a w 1420 przybył tu nowy proboszcz Georg Hese objął parafię po poprzedniku Jakubie Rogenschutzu. 240px|thumb|left|Kościół – widok od frontu
240px|thumb|Kapliczka przed kościołem 240px|thumb|Krzyż z tablica upamiętniającą jubileusz lokacji wsi 240px|thumb|Jan Liszewski urodzony we wsi
W XV wieku, podczas wojny trzynastoletniej, wieś uległa całkowitemu zniszczeniu (w 1455 zniszczyli ją Krzyżacy pod wodzą Jerzego von Schlibena), ale kościół ocalał. Również w czasie wojny polsko-krzyżackiej (1519–21) wieś została zniszczona. Po zniszczeniach i wyludnieniu akcje rekolonizacyjną w 1517 i 1521 prowadził Mikołaj Kopernik (jako administrator kapituły warmińskiej, rezydujący w Olsztynie). Osadnicy pochodzili z terenów Polski. Nowe osadnictwo rozpoczęto w dwóch miejscach, wskutek czego powstały dwie wsie: Klebark Wielki (zwany też Starym – Alt Cleberg) i Klebark Mały (zwany też Nowym Klebarkiem – Neu Cleberg).