Przeorysza krakowskiego konwentu W 1617 r. Krystyna objęła urząd przeoryszy krakowskiego konwentu. Sprawowała go w dwóch kolejnych kadencjach: w latach 1617–1620 oraz 1620–1623. Okres jej przełożeństwa był czasem rozwoju i stabilizacji wspólnoty oraz budowy jej stałej siedziby przy kościele św. Marcina.
7 sierpnia 1618 r. konwent przeniósł się do drewnianych budynków przy kościele św. Marcina, a klasztor został poświęcony pod wezwaniem św. Alberta. W 1619 r. drewniane zabudowania rozebrano i rozpoczęto przygotowania do budowy murowanego klasztoru. 2 maja 1620 r. rozpoczęto budowę pod kierunkiem architekta królewskiego Giovanniego Trevana. 26 września 1621 r. nowy klasztor został poświęcony pod wezwaniem św. Marcina i św. Józefa przez prowincjała karmelitów bosych Jana Marię od św. Józefa (Giovanniego Battistę Centurione).
W 1622 r. wspólnota uczestniczyła w krakowskich obchodach kanonizacji Teresy od Jezusa, które trwały od 16 do 22 lipca. 1 sierpnia tego roku, z powodu epidemii, zakonnice ponownie opuściły Kraków. Przebywały między innymi w Bolesławiu, Pacanowie, Świernej i Ćmielowie. Do Krakowa konwent powrócił 3 lutego 1623 r.