Głównym bohaterem jest bezimienny dowódca, absolwent akademii wojskowej, który obejmuje dowództwo nad oddziałem Counters. W jego skład wchodzą między innymi Rapi, Anis i Neon. Dowódca wraz z oddziałem prowadzi operacje na powierzchni i stopniowo poznaje zarówno naturę istot Rapture, jak i konflikty polityczne oraz społeczne wewnątrz Arki.
Produkcja i wydanie Nikke zostało opracowane przez południowokoreańskie studio Shift Up we współpracy z wydawniczą marką Level Infinite należącą do Tencent Games. Prace rozpoczęły się w latach 2017–2018 od wewnętrznego konkursu koncepcyjnego. Początkowo planowano widok z perspektywy pierwszej osoby, lecz projekt zmieniono na strzelankę trzecioosobową, a pozy bojowe inspirowano serią Gears of War.
Prezes Shift Up, Kim Hyung-tae, który odpowiadał za produkcję i stronę wizualną gry, wskazywał, że podczas walki zastosowano pełnowymiarowe modele postaci wykorzystujące Live2D zamiast stylistyki chibi. Według niego miało to między innymi wzmacniać atrakcyjność wizualną postaci. Jednym z kompozytorów współpracujących przy muzyce był Hiroyuki Sawano, który przygotował jeden z utworów przewodnich. Gra otrzymała dubbing angielski, japoński i koreański.