Część z nich tworzy zbrojną organizację Reunion, która występuje przeciwko władzom i społeczeństwom odrzucającym zakażonych.
Gracz wciela się w zamaskowaną postać określaną jako Doctor, która na początku historii cierpi na amnezję. Doctor dowodzi Operatorami organizacji Rhodes Island, która prowadzi działalność farmaceutyczną, medyczną i obronną. Rhodes Island poszukuje sposobu leczenia Oripathy, jednocześnie uczestnicząc w konfliktach z Reunion oraz innymi siłami politycznymi Terry.
Główna historia i wydarzenia poboczne przedstawiają również konflikty pomiędzy państwami Terry, spory społeczne dotyczące zakażonych oraz rywalizację różnych organizacji i społeczności.
Muzyka i dubbing Ścieżka dźwiękowa Arknights wykorzystuje elementy wielu gatunków muzycznych. Hypergryph współpracowało z wykonawcami spoza Chin przy materiałach związanych z grą. Steve Aoki, Yellow Claw i RUNN przygotowali utwory związane z pierwszą rocznicą światowej wersji gry.