Kolejna wzmianka o miejscowości znajduje się w łacińskim dokumencie z 1250 roku wydanym przez papieża Innocentego IV w Lyonie.
W 1400 roku miejscowość znajdowała się w posiadaniu kilku braci będących dziedzicami Zębocina: Dziersława, Jaśka (plebana kościoła św. Jakuba w Kazimierzu) Dobka, Klemensa i Poznana. Bracia w imieniu Dziersława sprzedali część wsi siostrze Katarzynie i jej synowi Janowi z Barwałdu Górnego. Pomimo sprzedaży wieś pozostała w rękach Dziersława, świadczy o tym pisanie się jego syna lub wnuka o tym samym imieniu z tej miejscowości w 1440 i 1446 roku. W latach 1462-1463 dziedzicem Kłobukowic był Andrzej, współwłaściel Małus Starych (dziś Małusy Małe), a w latach 1471-1474 bracia Mikołaj i Stanisław. W 1529 roku Jan Długosz wspomina o świadczeniu dziesięciny snopowej o wartości 3 grzywien przez Kłobukowice na rzecz klasztoru mstowskiego. W latach 1552-1553 właścicielami wsi byli Mikołaj i Jakub Kłobukowscy. Stan własnościowy wsi jako szlacheckiej utrzymywał się do XVIII wieku.