W latach trzydziestych i czterdziestych XX wieku partia weszła w stalinowski system. Cierpiała wtedy na wszelkie choroby komunizmu - sekciarstwo, frakcyjność, czujność ideologiczną, walkę z odchyleniami, trockizmem i rewizjonizmem. W 1939 w związku z przystąpieniem Kanady do II wojny światowej, partia rozpoczęła agresywną, antywojenną, proniemiecką agitację, co spowodowało represje. Grupa działaczy (Mathew Popovich, Tom McEwan, Tom Hill, John Boychuk, Mike Golinsky, Sam Carr, Tom Cacic, Tim Buck i Malcolme Bruce) zostało aresztowanych i osądzonych na podstawie paragrafu 98 kanadyjskiego kodeksu karnego. Po ataku Niemiec na ZSRR wraz z całym światowym ruchem komunistycznym partia zmieniła front, włączając się do popierania wojny. Pewna liczba komunistów udała się na wojnę do Europy jako ochotnicy.
W wyniku rozpadu bloku wschodniego i Związku Radzieckiego oraz likwidacji Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego ówczesny sekretarz generalny KPK George Hawison zdecydował o rozwiązaniu partii. Część jednak z jej członków, wierzących, że marksizm nie wypełnił jeszcze swej dziejowej misji, przejęła upadającą partię i podtrzymała jej działalność. Po upadku systemu komunistycznego na świecie, najbliższym sojusznikiem KPK jest Kuba.