W 1496 kasztelan kaliski Andrzej dał swojej córce pannie Katarzynie połowę miasta Szamotuły wraz z przyległymi wsiami, a w tym m. in. z połowy Krzyszkowa. Miał ona po ślubie otrzymać 2000 grzywien posagu a wtedy wspomniane dobra miały powrócić do Andrzeja. W 1510 Krzyszkowo było własnością Andrzeja wojewody poznańskiego, który miał 7 półłanków osiadłych, folwark i las.
Zachowały się także zapisy w historycznych księgach podatkowych dotyczące wsi. W 1469 wieś zapłaciła karę w wysokości 14 grzywien z powodu nie zapłacenia podatków królewskich (łac. „fertones regales”) i nie dopuszczenia do ich egzekucji. W 1475 Krzyszkowo znajdowało się w wykazie zaległości podatkowych. W 1508 pobór podatkowy ze wsi od 5 półłanków i dwóch karczm zapłacił wojewoda poznański Andrzej z Szamotuł. W 1509 we wsi odnotowano płatność od 5 półłanków oraz 3 grosze od karczmy. W 1563 we wsi było 5 łanów. W 1577 płatnikiem poboru był Janusz Przecławski z Przecławia koło Szamotuł. Zapłacił on także pobór w 1580 od 5 łanów i 1 kwarty roli, dwóch komorników, kowala, połowy karczmy dorocznej. W 1583 Janusz Przecławski ponownie zapłacił pobór z Krzyszkowa.