Wieś leży na Nizinie Śląskiej, w pobliżu Gór Opawskich, w otulinie Parku Krajobrazowego Góry Opawskie. Według podziału fizycznogeograficznego z 2017 dr. Krzysztofa Badory, Krzyżkowice znajdują się w granicach mikroregionów Przedgórze Głuchołasko-Prudnickie (332.17.3) i Dolina Prudnika (318.58.4). W obszarze wsi przepływa potok Sadecki Potok.
Leży na obszarze 594 ha. Do 2009 Krzyżkowice posiadały przysiółek Krzyżkowice.
Środowisko naturalne W Krzyżkowicach panuje klimat umiarkowany ciepły. Średnia temperatura roczna wynosi +8,1 °C. Duże zróżnicowanie dotyczy termicznych pór roku. Średnie roczne opady atmosferyczne w rejonie Krzyżkowic wynoszą 625 mm. Dominują wiatry zachodnie.
Nazwa Do 1945 miejscowość nosiła niemiecką nazwę Kröschendorf. W Spisie miejscowości województwa śląsko-dąbrowskiego łącznie z obszarem ziem odzyskanych Śląska Opolskiego wydanym w Katowicach w 1946 wieś wymieniona jest pod polską nazwą Chrościce. 9 września 1947 nadano miejscowości nazwę KrzyżkowiceRozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 9 września 1947 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości ()..