W 1604 Rada Miejska Prudnika kupiła wieś Krzyżkowice za 16 tysięcy talarów. We wsi, na terenie posesji nr 66, znajduje się kamień graniczny Królewskiego Miasta Prudnik, postawiony tu w 1730, pomalowany na biało. Do 1742 wieś należała do powiatu sądowego prudnickiego w Monarchii Habsburgów. Po I wojnie śląskiej znalazła się w granicach Królestwa Prus i weszła w skład powiatu prudnickiego w prowincji Śląsk. Wieś posiadała swoją własną pieczęć, która przedstawiała w polu wazon i wyrastające z niego trzy kwiaty, a w otoku napis: KRESCHENDORFF GEM: S: / NEYSTAETER CREYS (). mały|upright|Pieczęć Krzyżkowic (1819) 1 maja 1874 miejscowość weszła w skład gminy Dytmarów w powiecie prudnickim, rejencji opolskiej. Według spisu ludności z 1 grudnia 1910, na 419 mieszkańców Krzyżkowic wszyscy posługiwali się językiem niemieckim. W 1921 w zasięgu plebiscytu na Górnym Śląsku znalazła się tylko część powiatu prudnickiego. Krzyżkowice znalazły się po stronie zachodniej, poza terenem plebiscytowym.