W 1510 leżała w parafii Drożyn (obecnie to Drużyń).
Pierwszy zachowany zapis historyczny o wsi pochodzi z 1326 kiedy król polski Władysław I Łokietek nadał immunitet ekonomiczny i sądowy Marcinowi zwanemu Domasławic, synowi Mikołaja, dla jego dziedziny Adamowice położonej w dystrykcie drużyńskim i przyległych do niej wsi, zwanych Czartkowice, Kubaczyn i Pełczyce.
W 1388 Baranek z Kubaczyna. W latach 1393–1394 Święchna Kubaczyńska wdowa wygrała proces sądowy z bratem Szczedrzykiem z Kluczewa koło Wielichowa o podział 2 łanów oraz o połowę karczmy w Kluczewie.
W pierwszej połowie XV wieku doszło do majątkowego sporu sądowego o wieś Sepno, w którym udział wzięli dziedzice z Kubaczyna. W latach 1419–1421 odnotowana została Helżka, Elżbieta Kubaczyńska z Kubaczyna. W 1419 wraz z bratem Piotrem była dziedziczką w Kubaczynie i oboje toczyli proces z Prachną wdową po Wincentym z Sepna. W 1420 Elżbieta wraz z bratem Piotrem, dziedzice kubaczyńscy, otrzymali w podziale Sepna ¼ tej dziedziny, a Prachna, wdowa po Wincentym z Sepna wraz z dziećmi otrzymali ¾ tej dziedziny. Podobnie podzielono także zasiewy zimowe, tzn plony z tych zasiewów. Zasiewy wiosenne przypadły Prachnie, a także bydło i ruchomości, lecz z wyłączeniem bydła najemnego oraz tego bydła, które Prachna przyprowadziła do Sepna.