Po powrocie z Bliskiego Wschodu kontynuował prace w oddziałach Wojska Polskiego w Wielkiej Brytanii. Powołał dwa seminaria duchowne: w Szkocji i w Syrii. 16 sierpnia 1943 biskup Gawlina celebrował mszę żałobną na pogrzebie W. Sikorskiego w Newark w Anglii.
Jego jurysdykcji jako biskupa polowego podlegali żołnierze Polskich Sił Zbrojnych we Francji, w Wielkiej Brytanii, Kanadzie, na Bliskim Wschodzie, w Afryce i w ZSRR (od 1942), a od 1944 we Włoszech, Belgii, Holandii i w Niemczech.
Po zakończeniu II wojny światowej i rozwiązaniu Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie przestał pełnić funkcję biskupa polowego. 8 lutego 1945 został mianowany opiekunem (protektorem) Emigracji Polskiej na czas niemożności wykonywania tych zadań przez prymasa Polski, a 5 czerwca 1945 Stolica Apostolska powierzyła mu opiekę nad uchodźcami polskimi w Niemczech i Austrii. Po śmierci kard. Augusta Hlonda 28 stycznia 1949 papież Pius XII mianował Józefa Gawlinę Opiekunem Duchowym Polaków na uchodźstwie, czyli Protektorem Emigracji Polskiej. Od połowy 1947 zamieszkał jako rektor przy polskim kościele Biskupa św. Stanisława w Rzymie, przy via Botteghe Oscure 15.