W 1845 roku na własna prośbę Liebig otrzymał tytuł szlachecki Freiherr. Proponowano mu profesury na uczelniach w Tallinnie (1827), Getyndze (1835), Petersburgu (1839), Wiedniu (1841), Londynie (1845) i Heidelbergu (1851), które ostatecznie odrzucił po długich negocjacjach. Kiedy jednak Max von Pettenkofer z monachijskiego uniwersytetu poprosił króla Maksymiliana II Bawarskiego o osobiste zaproszenie Liebega i na prywatnej audiencji zaproponował mu stworzenie nowego instytutu chemicznego obok domu mieszkalnego zbudowanego specjalnie dla Liebiga oraz obiecał znaczną swobodę w nauczania, Liebig nie mógł się oprzeć. Przyjął propozycję pracy na tej uczelni i nauczał tam od 1852 roku.
Pracując w Monachium, Liebig został mianowany honorowym członkiem wielu towarzystw naukowych w kraju i za granicą, m.in. został członkiem zagranicznym Królewskiej Holenderskiej Akademii Sztuk i Nauk, i otrzymał liczne wyróżnienia i medale. W 1851 odznaczony Pour le Mérite za Naukę i Sztukę. W 1853 odznaczono go bawarskim Orderem Maksymiliana. Opracował metodę produkcji nawozu fosforowego i współtworzył spółkę producentów przemysłu rolno-chemicznego (BAG), która istnieje do dziś pod nazwą Süd-Chemie. 15 grudnia 1859 roku został mianowany prezesem Bawarskiej Akademii Nauk. Urząd ten piastował aż do swojej śmierci.