podobne do tych jakie posiadają Jednostki 01 i 02. Wyróżniające się cechy to jedno oko pośrodku głowy poniżej dwóch anten radiowych. Dwa razy jednostka weszła w tryb berserk, rzucając się na ludzi uważanych za wrogów Naoko Akagi, co wywołało powstanie teorii wśród fanów, że to jej dusza została umieszczona w Evie po jej samobójstwie. Są też dowody, które mogą wskazywać na to że dusza znajdująca się w Jednostce 00 to dusza Rei I. Jednostka została zniszczona przez Rei w próbie zniszczenia szesnastego Anioła, Armisaela.
Evangelion jednostka 01 (shogōki) Budowa jednostki rozpoczęła się w trzecim oddziale Laboratorium Sztucznej Ewolucji GEHIRNu, w Hakone między 2003 a 2004 rokiem. Eva stała się funkcjonalna w 2014 roku. Jest ona pilotowana przez Ikari'ego Shinji (z Ayanami Rei lub Dummy Plugiem Rei jako pilotami zapasowymi). Wpadała czasem w szał bojowy (zwany „berserkiem”) i działała bez źródła energii i instrukcji pilota. Eva podejmowała także niezależnie działania mające chronić pilota.