konfiskowano majątki protestantów i rozdawano je osadnikom niemieckim, co było celowym działaniem prowadzącym do germanizacji. Skonfiskowane majątki ziemskie rozdawano przedstawicielom rodów katolickich z Austrii, Hiszpanii i Włoch. Czechy utraciły też autonomię i stały się dziedziczną posiadłością Habsburgów. W wyniku wojny i panującej w jej czasie zarazy, liczba ludności Czech zmniejszyła się z około 4 milionów na początku XVII wieku do około 1 miliona w połowie stulecia. Ostateczne zakończenie tej fazy wojny stanowiło podpisanie przez Gábora Bethlena pokoju w Nikolsburgu z cesarzem w styczniu 1622.
Niektórzy historycy wyróżniają okres 1621–1625 jako oddzielny etap wojny, nazywając go okresem palatynackim. Po zajęciu i pacyfikacji Czech wojska skupiły się na pokonaniu protestantów w zachodniej części Niemiec, a także na okupacji Palatynatu. Nie dochodziło tam jednak do większych bitew, częściej za to podejmowano oblężenia miast i twierdz dla opanowania poszczególnych księstw.
Resztki protestanckiej armii dowodzonej przez Chrystiana Brunszwickiego usiłowały przedostać się do Niderlandów. Siły katolickie rozbiły je w bitwie pod Stadtlohn 6 sierpnia 1623.