Karaszkiewicz wspominał, że ideę filmu o statku osiadającym na mieliźnie jako symbolu Polski Piwowski zaproponował Karaszkiewiczowi i Barszczyńskiemu podczas luźnego spotkania pod hotelem Bristol, a następnie ta trójka udała się do mieszkania Głowackiego, aby dalej rozpisywać koncepcję. Scenariusz zamykała scena zabawy w salonowca, kończąca się słowami: „W ostrym świetle groteskowo rysuje się postać wypiętego kaowca”.
Cenzura łagodnie obeszła się ze scenariuszem: zarekomendowano szereg poprawek z wyłączeniem sceny zabawy w salonowca, na której sfilmowanie zezwolił sam minister kultury i sztuki. Zespół Filmowy „Tor”, pod kierownictwem Antoniego Bohdziewicza, debatując nad projektem między połową czerwca 1968 roku a wiosną 1969 roku, potraktował go jako łagodną groteskę z elementami satyrycznymi, nie zaś jako ostry pamflet, którym Rejs miał być w przyszłości. Andrzej Barszczyński, współscenarzysta filmu i operator kamery, w wywiadzie dla „Nowej Trybuny Opolskiej” w 2002 roku stwierdził: „największą klęską w walce z cenzurą nie były sceny wycięte, lecz te, które musieliśmy dopisać”. Barszczyński wspominał, że początkowo scenariusz zakładał brak jakiegokolwiek kapitana na pokładzie, lecz pod presją cenzury scenarzyści dopisali ową postać.