Według Słownika geograficznego Królestwa Polskiego z roku 1884 Łabuńki stanowiły wieś z folwarkiem w powiecie zamojskim, gminie i parafii Łabunie. Wieś leży na równinie nad rzeką Łabuńką, przy drodze bitej od Zamościa do granicy austriackiej w odległości 6 wiorst od Zamościa, 4 wiorsty od Łabuń i 25 wiorst od Tomaszowa. Gleba popielatka, pomieszana z piaskiem i borowiną. Piękny pałac tutejszy posiada bibliotekę (według noty słownika 4000 tomów) oraz zbiór obrazów i dzieł sztuki. Park otaczający pałac stanowi cel wycieczek letnich mieszkańców Zamościa. Była tu dawniej cerkiew grecko unicka, przeniesiona do Zamościa. W 1827 roku Łabuńki miały 47 domy i 336 mieszkańców, w roku 1884 68 domów i 728 mieszkańców w tej liczbie 682 katolików 9 ewangelików pozostali wyznania prawosławnego. Do włościan należy wówczas 65 osad i 1058 mórg ziemi. Według spisu powszechnego z 1921 r. – już 118 domów oraz 782 mieszkańców, w tym 9 Żydów i 3 Ukraińców.
W 1648 roku stał w Łabuniach obozem Bohdan Chmielnicki, oblegając Zamość, i stąd na wieść o elekcji Jana Kazimierza cofnął się na Ukrainę.