Na wieży umieszczono odlany w pracowni Jakuba Goetza gotycki dzwon z 1610 r. Sklepienia świątyni zdobią późnobarokowe iluzjonistyczne polichromowe malunki, z połowy XVIII wieku, przedstawiające sceny z życia św. Jana Chrzciciela, patrona łosiowskiej parafii. Ołtarz główny pochodzi z początków XVIII wieku. W części centralnej rzeźbionej nadbudowy jest Chrystus wsparty na kuli ziemskiej, z namalowanym obrazem świątyni i zabudowań klasztornych oraz postacie – Maryi i Marii Magdaleny. W polu środkowym umieszczono postać św. Jana Nepomucena wśród obłoków i aniołów. Po bokach są alegorie Kościoła Miłującego i Kościoła walczącego. Na tabernakulum znajduje się krzyż maltański. Najcenniejszym i najstarszym zabytkiem kościoła jest gotycka figura Madonny z Dzieciątkiem „Piękna Madonna” (Matka Boska Łosiowska) z 1410 r., wykonana z drewna lipowego przez Jana Józefa Weissa z Otmuchowa, umieszczona w ołtarzu bocznym, w bogato zdobionej motywami akantu późnobarokowej ramie z 1704 r. Uwagę przyciągają: w kaplicy południowej rzeźba Chrystusa Bolesnego (Frasobliwego) z XVII wieku, barokowa ambona, bogato zdobione regencyjne organy z XVIII wieku, misternie rzeźbione balaski, marmurowa chrzcielnica, cztery ławy z barokową płaskorzeźbioną dekoracją o motywach roślinnych na bokach, liczne maltańskie krzyże i kartusze herbowe.