Wieś podupadła, karczma nie prowadziła już działalności, a budynki zamieszkałe przez ludność były stare i zniszczone.

W końcu XVI wieku Łososkowice stanowiły wieś dóbr prestymonialnych kapituły katedralnej krakowskiej w powiecie proszowickim województwa krakowskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 101..

W 1795 w wyniku III rozbioru Polski Łososkowice stały się częścią Monarchii Habsburgów i weszły w skład prowincji Nowa Galicja. W 1815 zostały włączone do Królestwa Polskiego, a miejscowy majątek przeszedł na własność państwa, na skutek czego miejscowość stała się wsią rządową. W 1827 Łososkowice liczyły 102 mieszkańców, znajdowało się tu wtedy 15 domów mieszkalnych.

Po utworzeniu w 1918 II Rzeczypospolitej wieś stała się częścią gminy Niedźwiedź w powiecie miechowskim. W 1925 na Łososkowice składało się 25 domów, w których mieszkało 146 osób, wszyscy wyznania rzymskokatolickiego.

W 1950 we wsi została uruchomiona Szkoła Podstawowa im. Marii Konopnickiej. Budowa jej gmachu (Łososkowice 34) miała miejsce we współudziale tutejszych mieszkańców.