W 1576 wskutek zniszczeń wojennych oraz licznych pożarów drewnianej zabudowy Magnuszew został zdegradowany do rzędu wsi. W późniejszym czasie właścicielami Magnuszewa zostali Potoccy, a po nich potężny ród Zamoyskich. W 1776 Andrzej Hieronim Zamoyski na mocy przywileju nadanego przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego przywrócił Magnuszewowi rangę miastaAGAD, Zbiór dokumentów papierowych, sygn. 1991.. Przez następne lata miasto dotykały liczne pożary, powodzie a liczbę mieszkańców dziesiątkowały epidemie cholery i czarnej ospy. Zaludnienie malało, a Magnuszew zubożał i stracił charakter miasta. 1 czerwca 1869 na mocy ukazu cara Aleksandra II miasteczko utraciło prawa miejskieRobert Krzysztofik, Lokacje miejskie na obszarze Polski. Dokumentacja geograficzno-historyczna, Katowice 2007, s. 50–51..
Po pierwszej wojnie światowej Magnuszew znalazł się w województwie kieleckim, zostając siedzibą gminy Trzebień (do 1954). W marcu 1941 Niemcy utworzyli we wsi getto dla ludności żydowskiej. Mieszkało w nim ok. 1200 osób. We wrześniu 1942 getto zostało zlikwidowane. Jego mieszkańców wywieziono do getta w Kozienicach bądź dalej do Treblinki, a ok. 120 Żydów zamordowano na miejscu.