Zalew Szczeciński jest najbardziej na południe wysuniętą zatoką Morza Bałtyckiego, od którego jest oddzielony wyspami Uznam i Wolin. Zalew jest połączony z morzem poprzez 3 cieśniny: Pianę na zachodzie, Świnę między Uznamem a Wolinem, a także Głęboki Nurt i Dziwnę na wschodzie. Jego brzegi ograniczają takie mezoregiony jak: Równina Wkrzańska, Dolina Dolnej Odry, Równina Goleniowska, Wybrzeże Trzebiatowskie oraz wyspy Uznam i Wolin.
W Zalewie Szczecińskim wyróżnia się dwie duże części: niemiecki Mały Zalew (Kleines Haff) na zachodzie i polski Wielki Zalew na wschodzie, a także zatoki i mielizny. Głównymi zatokami Zalewu Szczecińskiego są: Zatoka Nowowarpieńska, Zatoka Skoszewska i Roztoka Odrzańska do której uchodzi Odra. Pomniejsze zatoki to: Boleń, Diabły, Krzecki Zalew, Zatoka na Palach. Wyróżnia się także Wielkomękowską Głębię.
Mielizny Zalewu Szczecińskiego: Mielizna Kopicka, Krzecka Mielizna, Krzecki Wyskok, Mielizna Osiecka, Płocińska Mielizna, Pomorska Mielizna, Wolińska Mielizna, Wyskok Warpieński, Mielizna Rzepczyńska (niem. Repziner Haken), Hart Schaar, Kamig-Haken, Ueckerhaken, Borken-Haken, Göschenbrinks-Fläche.