Zagospodarowanie thumb|220px|Statki na torze wodnym Szczecin-Świnoujście w Policach, widok w kierunku Roztoki Odrzańskiej, z lewej wyspa Chełminek
Od ujścia Odry do Kanału Piastowskiego (przekop przez Uznam do środkowej Świny) przebiega przez Zalew Szczeciński tor wodny Świnoujście–Szczecin. Długość odcinka toru prowadzącego przez Zalew wynosi 19,5 km, głębokość 10 m. Wytyczony został pod koniec XIX w. Pogłębiony i wyprostowany w XX w. Umożliwia on pływanie statkom wodnym ze Świnoujścia do Szczecina. Tor jako część handlowej drogi morskiej wymaga stałej kontroli i pogłębiania, a w okresie zlodzenia dozorowania przez lodołamacze.
Nad polskim brzegiem Zalewu Szczecińskiego położone są 3 porty morskie: Trzebież, Stepnica, Nowe Warpno, a w okolicznych sąsiednich akwenach (Świna, Wicko Wielkie, Dziwna, Odra) w Polsce znajduje się także 11 innych portów morskich. Nad niemieckim brzegiem porty morskie znajdują się w: Kamminke, Mönkebude, Ueckermünde. Pobliskie porty i przystanie znajdują się także na Usedomer See i w cieśninie Pianie.
Nad zalewem znajduje się wiele kąpielisk, wykorzystywanych w sezonie letnim, np.