Młyńczyska przez bardzo długi okres były biedną osadą, liczącą niewielu mieszkańców. Wieś była podzielona na stronę Potocką i Łukowską. Dopiero z początkiem XX wieku zaczął się widoczny rozwój. W 1914 r. rozpoczęto budowę drewnianego kościoła, pierwszym księdzem w Młyńczyskach był Tobiasz Grunwaldzki. Do 1931 r. granicę wyznaczał potok Jastrzębik. Mieszkańcy z północnej części wsi chodzili do kościoła w Łukowicy, a z południowej do Czarnego Potoku. Wybudowanie kościoła spowodowało, że powstała jedna parafia rzymskokatolicka erygowana 1 listopada 1933 r.
W latach 80. XIX w. wieś liczyła 609 mieszkańców katolików, którzy należeli do parafii w Czarnym Potoku i Łukowicy. Znajdowała się tu gminna kasa pożyczkowa. W Młyńczyskach znajdował się również browar, karczma i duże gospodarstwo folwarczne. Podczas II wojny światowej na terenie miejscowości działała dobrze zorganizowana partyzantka. W maju 1945 roku na Cisowym Dziale zginęła Genowefa Kroczek ps. „Lotte”, w okresie okupacji organizatorka punktów sanitarnych i szkoleń sanitariuszek dla oddziałów Batalionów Chłopskich. W 1974 r. na otwarcie nowego budynku szkoły podstawowej przybył były zastępca Naczelnego Dowódcy WP gen. Zygmunt Berling.