Płynące głębokimi kanionami Tara i Piva łączą się, dając początek Drinie. Odmienny bieg mają Morača i Zeta, dwie główne rzeki czarnogórskiego zlewiska Adriatyku. Zeta wpadająca do Moračy, w przeciwieństwie do Tary i Pivy, spływa na południowy wschód. Dolina Moračy położona jest prostopadle do linii brzegowej Adriatyku. Wpadająca do Jeziora Szkoderskiego Morača ma w górnym biegu bardzo duży spadek. Miejscami na odcinku 1 km poziom obniża się aż o 197 m (spadek o 19,7%). Do Adriatyku wpływa też wiele potoków, które są końcowymi odcinkami tzw. ponornic – rzek, które na znacznej długości płyną podziemnymi korytarzami.
Jeziora
Największym zbiornikiem wodnym w Czarnogórze jest Jezioro Szkoderskie (czar. Škadarsko jezero). Powstałe w wyniku procesów krasowych zajmuje dno wielkiego polja. Wiosną, gdy okalające je niziny ulegają zalewaniu, jezioro osiąga maksymalną powierzchnię 530 km². Jezioro to jest kryptodepresją, co oznacza, że jego dno znajduje się poniżej poziomu morza.
W Durmitorze, Bjelasicy i Górach Północnoalbańskich spotyka się liczne jeziora polodowcowe, z których największe, Plavsko jezero, ma powierzchnię 1,99 km². Próbując wykorzystać potencjał energetyczny górskich rzek, utworzono także kilka jezior zaporowych.