II wojna światowa 2 października 1939 w lasach, w rejonie Domostawa-Momoty skapitulowała przed sowietami grupa płk dypl. Tadeusza Zieleniewskiego. Żołnierze tej grupy walczyli zarówno z Wehrmachtem jak i Armią Czerwoną. Podczas okupacji hitlerowskiej miejscowość była schronieniem dla oddziałów partyzanckich szczególnie oddziału NOW-AK "Ojca Jana".
Wielu mieszkańców Momot Górnych zostało rozstrzelanych, głównie podczas 4 kolejnych pacyfikacji przeprowadzonych przez hitlerowców. W 1941 Niemcy urządzili łapankę na mieszkańców wsi, w celu wywózki na roboty przymusowe do III Rzeszy. Zdołano pochwycić 30 osób, a 15 rozstrzelano na miejscu za stawianie oporu. Spalono kilkanaście zabudowań gospodarczych. W 1943 w odwecie za udzielenie pomocy partyzantom, SS i kolaboracyjne oddziały Kałmuków, wymordowały 12 osób. 9 maja 1944 w okolicy wsi partyzanci polscy odebrali zrzut broni i lekarstw. Gdy dowiedzieli się o tym Niemcy, trzeciego dnia po zrzucie w odwecie zbombardowali wieś z samolotów - w czasie nalotu spłonęło 29 budynków, a kilka osób zginęło. 13 czerwca 1944, oddział Kałmuków w służbie niemieckiej wymordował kilkanaście kolejnych osób, paląc wiele zabudowań we wsi. Ogółem w czasie okupacji niemieckiej, w Momotach Górnych oraz w pobliskich Momotach Dolnych zginęło ok.