Służby PRL były również w posiadaniu materiałów świadczących o jego homoseksualizmie, więc mogły go szantażować.

Z komunizmem Stryjkowski ostatecznie zerwał w 1966, w ramach protestu (wraz z innymi intelektualistami) po wyrzuceniu z partii Leszka Kołakowskiego.

Po 1966 Po wystąpieniu z PZPR autor Głosów w ciemności nie ukrywał swojego krytycznego nastawienia do ustroju, był między innymi sygnatariuszem Listu 59. Nie przekreśliło to jednak jego kariery pisarskiej, choć nie podróżował już tak wiele jak dawniej – jedynie w 1969 wziął udział w stypendium International Writing Program University of Iowa w Stanach Zjednoczonych oraz pod koniec lat 70. odbył krótką podróż do Izraela. W lutym 1978 został członkiem Towarzystwa Kursów Naukowych. W 1980 w drugim obiegu ukazała się powieść autobiograficzna Wielki strach, będąca ostatecznym rozliczeniem z komunizmem. Gdy w 1983 zlikwidowano, a następnie utworzono na nowo Związek Literatów Polskich, pisarz nie zdecydował się na wstąpienie do niego, natomiast w 1989 przystąpił do powstającego na fali zmian politycznych Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.