W II Rzeczypospolitej do 1934 samodzielna gmina jednostkowa. Następnie należała do zbiorowej wiejskiej gminy Małnów w powiecie mościskim w woj. lwowskim.. W 1944 nacjonaliści ukraińscy z OUN - UPA zamordowali tutaj 6 Polaków i 3 Ukraińców za "za zdradę narodu ukraińskiego.
Jest to jedyna wieś położona w pasie przygranicznym w okolicy Przemyśla, w której ludność grekokatolicka nie została wysiedlona po II wojnie światowej. W 1945 wywieziono do ZSRR tylko kilkanaście rodzin, a podczas akcji „Wisła” wysiedlono kilkadziesiąt osób. Stało się to m.in. dzięki polskiemu księdzu, który wystawił Ukraińcom rzymskokatolickie metryki, „dołączając” ich do miejscowych Polaków wyznania rzymskokatolickiego.
Obecnie Obecnie (pocz. XXI w.), choć większość mieszkańców Kalnikowa jest wyznania rzymskokatolickiego, to ok. jedna trzecia mieszkańców wsi jest wyznania prawosławnego (we wsi znajduje się cerkiew parafialna), mniejsza część greckokatolickiego. Jest to jedno z największych wiejskich skupisk ukraińskich w Polsce. Miejscowe koło Związku Ukraińców w Polsce jest największym w kraju. W Szkole Podstawowej im. dra Bolesława Orzechowicza prowadzona jest nauka języka ukraińskiego. W 2000 został założony dziecięcy zespół „Wiszeńka”.